A szájüreg és a garat távolról sem steril. A normál szájüregi flóra mikrobákból és nem fertőző baktériumokból áll. A szájflóra egyfajta egyensúlyban van, de egy fertőzés felboríthatja az egyensúlyt és így gyulladást okozhat a szájüreg nyálkahártyáján. A szájüreg és a garat nyálkahártyája ki van téve különböző kórokozóknak, mert azok a külvilágból könnyen bejuthatnak.
Az afta
Az afta főként a szájüreg arc felőli részén, a nyelven és a fogínyen kialakuló, néhány milliméter átmérőjű, sokszor igen fájdalmas, fehér színű fekélyes elváltozás, amelyet piros szegély vesz körül. Kialakulásának pontos mechanizmusa nem ismert. Főleg fertőzés, erősen fűszeres vagy forró ételek, menstruáció vagy stresszes élethelyzet váltja ki. Az esetek nagy részében 7-10 nap alatt akár magától is elmúlik, de ritkán lázzal és nyirokcsomó-duzzanattal jár. Fertőtlenítő szájöblögető oldatot érdemes használni, mert az enyhíti a fájdalmat és elősegítheti a gyógyulást.
Herpes
Hozzávetőlegesen a lakosság 90 százaléka herpes simplex vírus-hordozó, ennek ellenére csak 1-2 százaléknál alakul ki herpes simplex vírus okozta ajak- vagy szájüregi gyulladás. A kórkép kezdetben apró hólyag formában jelenik meg, de ezt az esetek nagy részében égő érzés előzi meg az adott területen. A hólyagocskából piros szélű fekély alakul ki és kísérő tünetként nyirokcsomó duzzanat, láz, gyengeségérzés és fokozott nyáltermelődés figyelhető meg. A herpeszes elváltozás 1-2 hét múlva heg nélkül gyógyul, azonban gyakran kiújulhat ugyanazon a helyen. A szájnyálkahártya gyulladását vírus-, baktérium- vagy gombafertőzés okozza. Előfordulnak gyógyszerek (például szalicilátok, antibiotikumok, fogamzásgátlók) és vegyszerek (például klór, fluor, arzén) okozta szájnyálkahártya-gyulladások is. A rossz száj higiéné, elhanyagolt fogazat és leromlott általános állapot hajlamosítanak a szájnyálkahártya-gyulladásra.
A szájnyálkahártya gyulladás (sztomatitisz)
Fogínygyulladás (gingivitisz) 
A fogínygyulladás főleg a rossz szájhigiéné és a fogkő jelenléte miatt alakul ki, mert ezek hajlamosíthatnak olyan kórokozók megtelepedésére, melyek az íny gyulladásához, illetve ínysorvadáshoz, fogágybetegséghez vezethetnek. Az első tünet az ínyvérzés, amelyet később az íny duzzanata és pirossága követ. Fájdalmas lehet, és ha a páciens nem fordul időben fogorvoshoz, akkor az íny elkezd visszahúzódni, és kialakul az ínysorvadás (fogágybetegség), ami a fogak elvesztéséhez vezet. A gyulladt íny jobban ki van téve vírusfertőzésnek is. Az otthoni fogápolás, a helyes fogmosás, a rendszeres professzionális szájhigiénés kezelés és a félévenkénti fogorvosi vizsgálat elősegíti a fogágybetegség megelőzését.
Ajakgyulladás (keilitisz)
Forró étel vagy ital, esetleg kémiai anyagok (kozmetikumok!) hatására alakulhat ki az ajak körülírt duzzanata, pirossága, azaz a gyulladása. Az ajkakon kisebb hólyag és fekély is megjelenhet. Ilyenkor érdemes fertőtlenítő ecsetelőket használni.